Organisasi IABEE secara garis besar terdiri dari enam komisi, yakni Komisi Eksekutif, Komisi Kriteria, Komisi Evaluasi & Akreditasi, Komisi Finansial, Komisi Internasional, dan Komisi Hubungan Masyarakat. Definisi organisatoris dan tugas dari masing-masing Komisi ini adalah sebagai berikut:
1. Komisi Eksekutif
Komisi Eksekutif merupakan komisi pengambil keputusan tertinggi dalam IABEE. Komisi Eksekutif menetapkan arahan bagi Komisi Kriteria, Komisi Evaluasi & Akreditasi, Komisi Finansial, Komisi Internasional, Komisi Hubungan Masyarakat, serta Dewan Akreditasi. Komisi Eksekutif mengajukan anggota-anggota dari komisi-komisi tersebut. Keputusan-keputusan penting yang diambil oleh Komisi-komisi dilaporkan untuk disetujui oleh Komisi Eksekutif. Ketua Komisi Eksekutif bertanggungjawab kepada Dewan PII.
2. Komisi Kriteria
Komisi Kriteria menetapkan Naskah Kebijakan, Kriteria Umum, Panduan Kriteria, dan Kriteria Disiplin. Komisi Kriteria juga melaksanakan kaji-ulang dan merevisi dokumen Kriteria secara berkala.
3. Komisi Evaluasi & Akreditasi
Komisi Akreditasi & Evaluasi (EAC) bertugas mengembangkan dokumen Peraturan dan Kebijakan Evaluasi dan Akreditasi (ABEA / RPEA), instrumen-instrumen evaluasi, serta fasilitas evaluasi online (IABEE Online Evaluation System atau OES). Dalam suatu siklus akreditasi, EAC bertanggungjawab menugaskan tim evaluasi, melaksanakan kaji-ulang secara langsung maupun daring terhadap Prodi itu sendiri serta segenap dokumen evaluasi yang terkait, serta menyusun laporan-laporan hasil evaluasi terhadap Prodi. EAC juga bertugas mengembangkan program dan materi pelatihan, serta bahan-bahan informasi untuk publik. EAC juga bertanggungjawab merencanakan dan melaksanakan pelatihan-pelatihan untuk para Evaluator Prodi dan para Pelatih Evaluator Prodi.
4. Komisi Finansial
Komisi Finansial bertugas menyusun model pendanaan yang tepat bagi IABEE setelah periode pelaksanaan proyek pengembangan yang dikelola JICA berakhir.
5. Komisi Internasional
Komisi Internasional belum dibentuk pada saat penyusunan dokumen ini. Komisi ini bertugas mempersiapkan dokumen-dokumen pendukung permohonoan status Provisional dalam Washington Accord.
6. Komisi Hubungan Masyarakat
Komisi Hubungan Masyarakat belum dibentuk pada saat penyusunan dokumen ini. Komisi ini bertanggungjawab terhadap penerbitan informasi melalui laman IABEE, serta melaksanakan seminar, lokakarya, dan simposium untuk sosialisasi IABEE.